Exom-sekvensering

[Rskre]

Her om dagen fekk eg attende FASTQ-filene, heile 100 gigabyte, frå exom-sekvenseringa av familien min (fekk det heilt ned i 699 dollar per person). Har byrja å leggja inn data i Avadis NGS, maskina har nytta heile dagen berre på alignment av mine personlege data mot Hg19, trur nok helst eg lyt skaffa meg ein kraftigare PC.

Vert spanande å sjå om me drassar på mange mendelske sjukdomar, her er eit oversyn over vondskapen http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim.

http://seqanswers.co.../exome_analysis

Endret 14. april 2013 av Rskre

[Midgard]

Lykke til med analysene. (Jeg håper du har de rette bakgrunnskunnskapene til å behandle slik personlig data)

Når det kommer til analyse, mengde og tid så er det litt lite info å gå etter.

Jeg kjenner heller ikke til det programmet du bruker, eller hvilke betingelser som er satt. Men har du en "vanlig" pc med standard minne osv, kan det ta laaang til.

Jobbet mye med slike data selv og med 48gig ram samt SSD-disk tar det tid.

Artig om du kan poste litt upersonlig info i tråden.

[Rskre]

Lykke til med analysene. (Jeg håper du har de rette bakgrunnskunnskapene til å behandle slik personlig data)

Når det kommer til analyse, mengde og tid så er det litt lite info å gå etter.

Jeg kjenner heller ikke til det programmet du bruker, eller hvilke betingelser som er satt. Men har du en "vanlig" pc med standard minne osv, kan det ta laaang til.

Jobbet mye med slike data selv og med 48gig ram samt SSD-disk tar det tid.

Artig om du kan poste litt upersonlig info i tråden.

Har bestilt 64 Gb og vonar at det gjeng betre no.

[Midgard]

Har bestilt 64 Gb og vonar at det gjeng betre no.

Kvanta kosta ? Endret 16. april 2013 av Midgard

[Rskre]

Kvanta kosta ?

Corsair Dominator Platinum DDR3-2133 64GB

http://prisguide.har...gb-8x8gb-169009

Endret 16. april 2013 av Rskre

[Rskre]

Kingston er også ute på marknaden:

http://www.komplett.no/k/ki.aspx?sku=769118

http://www.pcgamer.com/2012/11/15/kingston-reveal-beast-64gb-ram-new-ssds-and-obsession-with-manly-nomenclature/

[Midgard]

Du satser på at ECC ikke er nødvendig ?

[Rskre]

Du satser på at ECC ikke er nødvendig ?

Det var eg ikkje klar over, eg er slett ingen dataekspert. Takk for informasjonen.

[Midgard]

Det var eg ikkje klar over, eg er slett ingen dataekspert. Takk for informasjonen.

Jeg ble sterkt anbefalt å bruke ECC for slike krevende minne oppgaver. Dog er det så himla kostbart at det var lokkende å la vær. Men det ble ECC og det ble SSD disk for OS og det hjalp også mye.

Hvor mange sekvenser har du og hvor lang (nt) er de ?

[Rskre]

Jeg ble sterkt anbefalt å bruke ECC for slike krevende minne oppgaver. Dog er det så himla kostbart at det var lokkende å la vær. Men det ble ECC og det ble SSD disk for OS og det hjalp også mye.

Hvor mange sekvenser har du og hvor lang (nt) er de ?

Reads på 101445810 på min eigen, så har eg 9 andre.

Send meg gjerne ein PM.

[MiniMjau]

Spennende. Kan jeg spørre hvilke vurderinger og tanker dere gjorde dere i forkant av sekvenseringen?